Über unserem herrlich verstäbelten gotischen Südtor befindet sich die Aufschrift: „Das GEPAU ist gemacht in der Pauren Krieg 1525". Diese auffallende Inschrift, die in echt gotischer, der Zeit entsprechender Schrift gehalten ist, wird seit 150 Jahren immer wieder in Büchern und Zeitschriften erwähnt.

Leider sind beim Brand von 1774 alle alten Kirchendokumente im damaligen Pfarrarchiv zugrunde gegangen, so dass unsere Quellen äußerst dürftig sind. Daher gelang es auch nicht, die Unterschrift W. H. zu erklären. Sicherlich wurde auch Schenkenfelden von den Hussiten, die sogar bis zur Donau plündernd und brennend vordrangen, zerstört, wie z. B. Leonfelden im Jahre 1427. Auch vorher und später noch wurde unsere Gegend bei Grenzfehden von böhmischen Kriegsscharen schwer verwüstet, wobei ganze Ortschaften vernichtet wurden.

Bautechnisch und wirtschaftlich erstreckte sich der Wiederaufbau auf einen Zeitraum von fast 100 Jahren. Nach dem anerkannten Kunstfachmann Dr. Benno Ulm dürfte das Kirchenschiff um die Mitte des 15. Jahrhunderts gebaut worden sein. Nach dem Kirchenhistoriker Dr. Karl Eder, der sich gerade mit dieser Zeit viel befasst hatte, hängen die Ablässe meist mit Kirchenbauten zusammen. 1449 bekam Schenkenfelden einen Ablass des Passauer Bischofs, um den vielleicht ins Stocken geratenen Bau weiterführen zu können. Besonderen Auftrieb wird der Kirchenbau durch den päpstlichen Ablass von 1519 erhalten haben, so dass der Bau 1525 zu einem gewissen Abschluss gekommen sein dürfte.

Um 1500 stand der Kirchenbau in unserem Lande in großer Blüte, wahrscheinlich auch wegen der Zerstörungen in den vorhergehenden zwei Jahrhunderten. Mit der Glaubensspaltung durch Martin Luther kam die Kirchenbautätigkeit meistens zum Erliegen, trotzdem wurde in Schenkenfelden an der Kirche weitergearbeitet. Die Jahreszahl am Nordportal 1545 und die Renaissancemalerei mit zweimaliger Jahreszahl 1556 und dem gut erhaltenen Schweißtuch der Veronika an der Westseite des Chores beweisen dies. Während der Bau noch der Gotik angehört, weist die Malerei bereits in die Renaissance. (Nach einem Artikel in den Mühlviertier Nachrichten von Prof. Karl Kreuzer.)

Die Neuerungen nach dem 2. Vatikanischen Konzil, insbesondere die Liturgiereform erforderte eine Neugestaltung des Altarraumes und eine Erweiterung des Kircheninnenraumes. Im Sommer 1967 wurde die Umbauarbeit in Angriff genommen und im Dezember 1968 abgeschlossen. Hauptverantwortlich waren Pfarrer Andeßner und Architekt Dipl.-Ing. Zemann. Im Mai 2000 wurde die Sanierung des Daches in Angriff genommen und auch der Turm restauriert.